小昭寺，藏语称为“甲达绕木切”，相传文成公主入藏时带了一尊释迦牟尼十二岁等身像，行至现在的小昭寺位置时，木车陷入沙地中。公主通过历算，决定把释迦牟尼佛像安放此处供奉，遂建小昭寺。这座寺庙由文成公主主持修建，与大昭寺同时开工，同时告竣，同时开光；大门朝东，以寄托这位公主对家乡父母的思念。后以此为基建小昭寺。该寺坐西朝东，据说是文成公主悲思家乡而设计的。文成公主为建小昭寺从内地召来精巧工匠，以汉地庙宇为模式，结合藏地建筑特点，建成了极为壮观的重楼叠阁。

小昭寺的早期建筑系仿汉唐格式，崇楼峻阁，金碧辉煌，极为精美壮丽。盛极一时的小昭寺，在松赞干布死后，又曾一度冷落，苯教势力抬头。芒松芒赞执政时期（公元650—676年），闻知唐高宗派兵进藏，疑夺释迦牟尼铜像，便将释迦牟尼佛像从小昭寺迁移，封闭于大昭寺的南厢秘室中。同时，“所有住在拉萨惹谟伽寺（小昭寺）等处的和尚，一律被驱逐出境了。”赤德祖赞（公元704—755年）即位后，于公元710年，又从唐朝迎娶了金城公主，进一步促进了汉地佛教在吐蕃的发展。金城公主嫁到吐蕃后，把原被封藏在大昭寺的文成公主带到吐蕃的佛像供奉于大昭寺，又取尺尊公主所携之释迦牟尼佛像，供奉于小昭寺，并安排了汉僧管理一切宗教仪式，于是，二佛像遂易寺而居。 　　

现存的小昭寺的建筑大多是后来重修的，只有底层神殿是早期的建筑，殿内的10根柱子依稀可见吐蕃遗风：上面镂刻着莲花，并雕有花草、卷云以及珠宝、六字真言。小昭寺主楼三层，底层分门庭、经堂、佛殿三部分，周围是转经廊道，廊壁上遍绘无量寿佛像。三层楼上过去是一一喇嘛下榻的地方。小昭寺的金顶也是汉地的歇山式样，以斗拱承托，整座建筑风格也是汉藏合壁。