小昭寺,藏语称为“甲达绕木切”,相传文成公主入藏时带了一尊释迦牟尼十二岁等身像,行至现在的小昭寺位置时,木车陷入沙地中。公主通过历算,决定把释迦牟尼佛像安放此处供奉,遂建小昭寺。这座寺庙由文成公主主持修建,与大昭寺同时开工,同时告竣,同时开光;大门朝东,以寄托这位公主对家乡父母的思念。后以此为基建小昭寺。该寺坐西朝东,据说是文成公主悲思家乡而设计的。文成公主为建小昭寺从内地召来精巧工匠,以汉地庙宇为模式,结合藏地建筑特点,建成了极为壮观的重楼叠阁。

小昭寺的早期建筑系仿汉唐格式,崇楼峻阁,金碧辉煌,极为精美壮丽。盛极一时的小昭寺,在松赞干布死后,又曾一度冷落,苯教势力抬头。芒松芒赞执政时期(公元650—676年),闻知唐高宗派兵进藏,疑夺释迦牟尼铜像,便将释迦牟尼佛像从小昭寺迁移,封闭于大昭寺的南厢秘室中。同时,“所有住在拉萨惹谟伽寺(小昭寺)等处的和尚,一律被驱逐出境了。”赤德祖赞(公元704—755年)即位后,于公元710年,又从唐朝迎娶了金城公主,进一步促进了汉地佛教在吐蕃的发展。金城公主嫁到吐蕃后,把原被封藏在大昭寺的文成公主带到吐蕃的佛像供奉于大昭寺,又取尺尊公主所携之释迦牟尼佛像,供奉于小昭寺,并安排了汉僧管理一切宗教仪式,于是,二佛像遂易寺而居。   

现存的小昭寺的建筑大多是后来重修的,只有底层神殿是早期的建筑,殿内的10根柱子依稀可见吐蕃遗风:上面镂刻着莲花,并雕有花草、卷云以及珠宝、六字真言。小昭寺主楼三层,底层分门庭、经堂、佛殿三部分,周围是转经廊道,廊壁上遍绘无量寿佛像。三层楼上过去是一一喇嘛下榻的地方。小昭寺的金顶也是汉地的歇山式样,以斗拱承托,整座建筑风格也是汉藏合壁。